Sekolah Agama pada awal kewujudannya dikenali dengan nama ‘Sekolah Al-Quran’ iaitu pada tahun 1907 di kukup, Pontian dan kemudiannya di Sri Kopi, Johor Bahru.Kemudiannya ditukar dengan nama Sekolah Al-Kitab dengan penambah mata pelajaran Ilmu Feqah dan Tauhid.

Dengan titah Duli yang Maha Mulia Almarhum Sultan Ibrahim Ibni Almarhum Sultan Abu Bakar pada tahun 1918 Masihi maka Sekolah Agama ditubuhkan dengan rasminya dan dikenali sebagai ‘Sekolah Agama Petang Kerajaan Johor dengan bahasa Melayu sebagai bahasa pengantar.

Sekolah Agama Kerajaan Johor mempunyai dua seisi pagi dan seisi petang.Jumlah Sekolah Agama bagi seluruh Negeri Johor Darul Ta’zim adalah dianggarkan sebanyak 523 buah sekolah iaitu Johor Bahru 79 buah, Muar 91 buah, Batu Pahat 114 buah, Pontian 51 buah, Kluang 44 buah, Segamat 50 buah, Kota Tinggi 66 buah dan Mersing 28 buah.